アプリ版『けものフレンズ3』はジャパリパークを舞台に完全オリジナルストーリーを展開。セルリアンの急増したパークの危機を守るために、ジャパリパーク保安調査隊、通称・探検隊がさまざまな場所を冒険する。
アーケード版『けものフレンズ３ プラネットツアーズ』ではアプリ版『けものフレンズ3』で手に入れたイラストをゲームセンターのゲーム筐体で印刷してリアルカードにできる。
2月26日から3月12日14時までは「手塚治虫キャラクターズ」コラボを開催中。シナリオイベント「風の迷子と燃ゆる羽」を楽しめるだけでなく、新フレンズの☆4「火の鳥」と☆4「ユニコ」の出現確率がアップした期間限定しょうたい（ガチャ）「風の迷子と燃ゆる羽 すてっぷあっぷしょうたい」をラインナップする。
「風の迷子と燃ゆる羽」第1話「一本角のお客様」は、西の森で何らかの異変が起きたため調査に訪れた探検隊が森の中で見知らぬフレンズ・ユニコと出会うエピソード。
ひょんなことから探検隊の手伝いをすることになったユニコだが、森の中で出会った時の非力な様子とは打って変わって、次々とセルリアンを倒していく。別人のようなその強さのきっかけは、「探検隊のみんな」だと言うが、それはいったい……。
魔法の力が使えるユニコと、不死鳥の火の鳥。手塚治虫作品から参戦した新たなフレンズがどのような活躍を見せるのだろうか。
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